Laboratoře používají různé postupy a někdy je na jedné objednávce smíchají. Dřív než graf dává smysl vědět, co se měřilo. Přehled toho, co test klinicky neslibuje: testy mikrobiomu. Co se děje se vzorkem před analýzou: odběr vzorku.

Doplnit Schéma: 16S, metagenomika a kultivace

16S rRNA

Nejčastější přehledová metoda čte vybraný úsek genu pro ribozomální RNA bakterií a archeí. Podle podobnosti ho zařadí k rodu, někdy k druhu. Je relativně levná a hodí se na hrubou mapu společenstva. Nevidí viry ani houby, pokud se nepřidá jiný test. Výběr primerů a databáze mění, které skupiny „vyjdou“. Funkce — co bakterie umí — se z 16S jen odhadují, nepřečtou se přímo.

Shotgun metagenomika

Sekvenuje se veškerá DNA ve vzorku, nejen jeden gen. Lze z ní častěji odvozovat druhy, někdy kmeny a geny spojené s metabolismem. Je dražší, citlivější na kontaminaci a pořád většinou vyjadřuje podíly, ne absolutní počty. Hostitelská DNA, zejména ze stěru sliznice, může část čtení zabrat. Ani metagenomika neřekne, které geny se v těle právě používají. Na to by byla potřeba jiná vrstva dat, třeba metatranskriptom, kterou běžné spotřebitelské testy nemají.

Kultivace a cílené metody

Kultivace nechá vybrané mikroorganismy růst. Ukáže, co za daných podmínek žije a někdy jak je citlivé na antibiotika. Velká část střevních anaerobů na obyčejné misce nenaroste, takže „nic nevyrostlo“ neznamená sterilní střevo. Kvantitativní PCR (qPCR) měří předem vybrané cíle a může být bližší počtu kopií genu. Nepopisuje zbytek společenstva. Pro SIBO se v praxi používají spíš dechové testy než sekvenace stolice. Stolice je vzorek tlustého střeva, ne tenkého.

Relativní podíl není množství

Když jedna skupina tvoří 40 % čtení, nevíte, jestli je ve střevě hodně bakterií celkem, nebo málo a tato skupina jen převažuje mezi tím, co se podařilo přečíst. Dvě laboratoře se stejným vzorkem mohou kvůli jiným databázím a filtrům vydat jiné pořadí rodů. Proto konsenzus nepodporuje široké rutinní klinické používání těchto testů ani indexy dysbiózy. Čtení hotové zprávy: jak číst výsledek.

Kam dál

Zdroje a další čtení

  1. Allaband a kol. — Microbiome 101 pro kliniky (Clinical Gastroenterology and Hepatology, 2019) — 16S, metagenomika, limity interpretace
  2. International consensus on microbiome testing — klinické použití a indexy

Odkazy slouží k orientaci ve veřejných zdrojích. Nejde o úplný přehled literatury.

Obsah má vzdělávací charakter a nenahrazuje individuální konzultaci s lékařem nebo jiným kvalifikovaným zdravotnickým pracovníkem.

Související průvodce